建筑是空间的宣告，而理论是时间的基石。在明堂天堂落成的同时，一场旨在从思想根源上确立“皇权高于神权”的理论构建，也在紧锣密鼓地进行。主导者依然是李瑾，他深知，仅靠暴力威慑（蓝田事件）和仪式展演（洛阳法会）是不够的，必须建立起一套能够自圆其说、并能被知识阶层接受和传播的理论体系。
他首先强化了对《大云经》及《大云经疏》的“钦定”地位。由礼部牵头，召集北门学士、弘文馆学士以及“听话”的高僧（以薛怀义、法明为首），对《大云经疏》进行最后的修订、润色和官方定稿。定稿的核心，在于将“女主当兴”的预言，与儒家传统的“天命”观、道家的“道法自然”观更紧密地结合起来。
修订后的《大云经疏》明确提出：
1. 佛意即天意：“我佛悬记，冥符天命。 《大云》所示女主，实乃昊天眷命，佛心印证。陛下以菩萨心，行君王事，是谓以佛道佐天道，以慈悲行仁政。” 这就巧妙地将佛教的“授记”与儒家最核心的“天命”观对接，使武则天的权威同时具备了“天”与“佛”的双重神圣性。
2. 皇权统摄教权：“王法即佛法，护国即护法。 陛下身为金轮圣王（借用了佛教转轮圣王的概念），总持三教，调和阴阳。释道儒流，虽有别途，同归王化。僧尼道士，虽方外之宾，实王臣之属。 其弘法利生，必先忠君爱国；其持戒修行，亦当遵奉国宪。” 这从根本上定义了宗教人士的政治身份——他们是“王臣”，必须服从皇权，宗教活动必须在“王法”和“国宪”框架内进行。
3. 政教互为表里：“明堂布政，所以明天道；天堂礼佛，所以彰佛恩。 政教一体，本无二致。陛下于明堂颁行仁政，即是在人间践行佛法；于天堂供养三宝，即是为天下祈求福田。皇权行教化之实，神权彰教化之威，相得益彰，共臻至治。”
这部经过官方精心修订和诠释的《大云经疏》，被钦定为“官疏”，刊印成册，颁行天下州县学、寺观及“三教同风堂”，要求所有僧尼、道士、乃至官学师生，必须学习、宣讲。 同时，诏令天下寺观，在早晚课诵或法会时，需增加“祝愿皇帝万岁、皇后（或天后）千岁，国祚绵长，兵戈永息”等内容，将此作为宗教仪轨的固定部分。
此外，李瑾推动礼部，在《贞观律疏》和永徽以来律令格式的基础上，增加专门篇章，将之前针对宗教管理的各项政策（额度、户籍、考核、经济监管、活动审查等）系统化、法典化，形成一部相对独立的
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