叛乱平定后，秦烈立刻下令，清算参与谋反的寺庙。
圆空被斩首示众，大报恩寺被查抄。
参与谋反的十几座寺庙，住持全部斩首，僧兵头目凌迟，普通僧人勒令还俗，田产全部充公。
一时间，北京城附近的佛教界风声鹤唳。
但秦烈没有把所有的寺庙都打掉。
他很清楚，佛教在民间有很深的基础，真要是全面灭佛，只会激起民变。
他要做的，是规范佛教，让佛教纳入朝廷的管理，而不是成为法外之地。
开元五年十二月，秦烈在奉天殿召开朝会，商议佛教改革。
秦烈坐在龙椅上，看着下面的文武百官，“诸位爱卿，佛教的事，朕已经处理了一批。但朕不想灭佛，朕只想规范佛教。今天，大家都说说，佛教该怎么管。”
沈文度率先出列：“陛下，臣以为，佛教之乱，乱在三点。其一是占田太多，不纳税，不服役；其二是私设公堂，豢养僧兵，欺压百姓；其三则是度牒泛滥，什么人都能出家，藏污纳垢。只要把这三点解决了，佛教就乱不起来。”
秦烈点了点头：“说得好。那你说，怎么解决？”
沈文度道：“臣以为，第一当限田。每座寺庙最多保留一百顷田产，多余的交给朝廷分给无地百姓，且保留的田产必须按一条鞭法纳税。第二当解散僧兵，废除私刑。寺庙里不许私藏兵器，不许对佃户动用私刑，凡有纠纷一律报官府处理。第三则是规范度牒。以后出家必须经过朝廷批准发放度牒，没有度牒的一律勒令还俗，且度牒每年审核，犯法者收回度牒强制还俗。”
秦烈又问：“还有呢？”
宋墨出列：“陛下，臣以为，还应该设立一个叫‘僧录司’的机构，归礼部管辖。全国的寺庙、僧人、度牒，都由僧录司统一管理。这样，朝廷就能随时掌握佛教的情况，不会再出现圆空这种人。”
秦烈点头：“好，还有吗？”
陈勋出列：“陛下，臣以为还应该派人清查全国寺庙。哪些寺庙参与谋反，哪些占田过量，哪些私藏兵器，都要查个水落石出。该罚的罚，该抄的抄，该还俗的还俗，不能让那些不法僧人继续逍遥法外。”
秦烈当即拍板：“说得对！听风网配合户部、礼部清查全国寺庙，凡参与谋反者严惩不贷，占田超过一百顷者将多余田产充公，私藏兵器者按谋反论处。”
朝会一直开到下午，群臣将限田纳税、解散僧兵废除私刑、规范度牒发
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