燕王获得全胜，建文四年6月13日，燕王统领大军开进南京金川门。
当燕王军队进入皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影。与此同时，建文帝所使用的宝玺也毫无踪影。
据宫中传闻建文帝死于宫中的大火中。文皇帝朱棣望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及。
中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：“果然，若是痴耶！吾来为扶翼不为善，不意不谅而遽至此乎！’……壬申，备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日。”仁宗朱高炽御制长陵后碑也说，建文帝殁后，文皇帝备以天子礼仪殓葬。
文皇帝后来在给朝鲜国王的诏书中说：没想到建文帝在奸臣的威逼下纵火自杀。
但是，太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，建文帝是活是亡无从得知。
燕王为让天下知建文帝已****，曾作有祭文，但其坟墓在什么地方，无人可知。”唐逸道：“难不成太祖当年已知文皇帝要发动靖难之役？这个也？”我道：“虽说不可能，在也不能说没有可能，当年在南京攻破之时，建文帝曾想自杀，但在其亲信说服下，削发为僧，从地道逃出了皇宫，隐姓埋名，浪迹江湖。文皇帝死后，他又回到京城，死后葬于京郊西山。文皇帝登位后，感到生死未卜的建文帝对他有一种无形的压力，因此多次派心腹大臣到处访问。永乐年间郑和下西洋的陪同官员中，有不少锦衣卫士，这显然就是用于暗中察访建文帝的。文皇帝还曾向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，将所有僧人名册重新整理，对僧人进行了一次全方位的调查。从永乐五年起，还派人以寻访仙人张邋遢为名到处查找，涉及大江南北，前后共20余年。民间传言中，在许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝先逃到云贵地区，后来又辗转到了南洋一带，直到现在，云南大理仍有人以惠帝为鼻祖。更有人认为当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年在此病亡，埋于庵后小山坡上。
“唐逸点了点头道：”这个传说我也曾听闻，不过要说太祖当年将真身葬在三清殿为了自己的孙子建文帝，这个老夫不敢苟同！”我笑了笑道：“堡主不必多虑，这个也只是在下的猜测而已，至于是否如此，在下也不敢淡然肯定！”唐逸点了点头道：“照唐少侠如此说来，这画像之人并非太祖了！”我点了点头道：“看来是不是了！”在秦代之前，帝王的陵墓一直是一件大事，尤其是帝王死后歌颂的文字歌功颂德的
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