而文书司，审计司这两个直接由商毅管理的部门主事，都由叶瑶瑱来出任。
其实按商毅本事的想法，叶瑶瑱应该是只管文书这一块，因为商毅考虑到自己未来有可能会长期征战在外，真正能管理行政的时间不会很多，家里必需要留一个自己信得过的人坐镇才行，周世奇的能力虽然不错，但一来年岁大了些，二来他的家族在自己的集团中占了很大一块，难保不会行些私弊的事情，必须对他的权力有一些制衡才行。
叶瑶瑱本身就俱被很强的亲和力，而且在这次北京之行中，商毅发现叶瑶瑱其实也有很出色的组织才能，加上她又是自己的正房妻子，当然是最合适的人选。但是在目前来说，商毅手下精通算术的人材不多，而审计司同样也是一个相当重要的部门，一直还找不到合适的人选，而叶瑶瑱以前做过财政，对审议的一套也比较了解，因此只能由叶瑶瑱来兼任。这样一来，以后自己出征在外，家里有叶瑶瑱和周世奇共同处理，应该可以让自己放心的。
整个民政系统就这样确定下来，而在统战部方面，参议司主事是唐镇，其实目前来说，这个部门的主要任务还是训练士兵，战斗计划基本是由商毅来制定，因此唐镇是最适合这个位置的人，因为虽然后来的战斗他基本都没有参加，但后期加入穆陵军的士兵基本都是由他来督促训练的。
军情司主事是周琦，他本身就是侦察营的营长，而商毅集团目前的情报工作，还是以临阵打探敌情为主，碟报，暗哨，长期潜伏的人员暂时还没有，因此这个职位自然非他莫属了；军器司主事仍然是孙和鼎，这一点没有变化；只有后勤司这个位置一时还找不到合适的人选，只能先让孙和斗来担任。
这下各部门的主事人员都确定下来之后，商毅命令各部门下面的分支结构的安排和工作人员都有各主事人员自行设定和委任，并在十天之后甴各位主事将本机构工作人员名单和工作计划都交给商毅来确定。同时商毅对各司的工作责任要求，规章制度都做出了比较详细的规定。
整个行政系统建立起来之后，商毅也十分满意，如果试行一段时间，能够不出大问题，那么估计用这样一套班子，可以稳定的保持相当长的一段时间了，就算是自己以后能够建立一块新的根据地，也是基本上也都足用了。
行政机构完善下来之后，商毅也立刻开始建全军队的建制,这也是为出兵南下作准备。
目前穆陵军的整编工作以经基本完成，五个团和两个独立营的人员以经全部到位，接下来是各团营的武器
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